La patrouille de Batman sur Gotham s'achève. Il rentre à la Batcav. Mais à la place d'Alfred, c'est Splinter qui l'attend. Au lieu de Nightwing, Red Hood, Tim Drake et Damian Wayne, il se retrouve nez à nez avec Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo. L'aventure commence et leurs ennemis s'avèrent être l'hybride de Shredder et du Joker, et Krang vivant désormais dans l'Anti-Monitor.